השכיחות של זיהומים פטרייתיים גדלה ב-30 השנים האחרונות בגלל כשלי חיסון וירליים או איאטרוגניים, הטיפול היעיל בזיהומים בקטריאליים ההתפתחות של התקנים פרותטיים והשימוש הנרחב בעדשות מגע. שכיחות זיהומים פטרייתיים בקרנית (קרטומיקוזיס) נמצאת במגמת עלייה, במיוחד באוכלוסיות עם צפיפות האוכלוסייה הגבוהה שבאסיה ובאפריקה, ופיטריות פילמטיות הינן הפתוגן המדווח בשכיחות הגבוהה ביותר. מבין השמרים (yeasts) ה- Candida albicans היא השכיחה ביותר הנמצאת בקרטומיקוזיס. אולם, גם C. glabrata, C. tropicalis, C. krusei, ו- C. parapsilosis הופכים להיות יותר ויותר משמעותיים.

הטיפול בזיהומים פטרייתיים מצריך אבחנה במועד כדי להתחיל מהר בטיפול. בערך חצי מהדגימות הנבדקות הינן עם תרביות שליליות או שליליות לזיהוי אנטיגני של הפטרייה באמצעות enzyme-linked immunosorbent assays. דווח על שיפור באבחון באמצעות טכניקות המבוססות על אמפליפיקציה של חומצות גרעין, כמו polymerase chain reaction (PCR). פותחו בדיקות PCR קלאסיות על ידי אמפליפיקציה של אזורי גנום פטרייתיים. אף אחת משיטות אלה יכולה להבדיל בין פיטריות פילמטיות לשמרים, וכל השיטות האלה מצריכות פרוצדורות פוסט-אמפליפיקציה כמו restriction enzyme digestion and analysis, single-base extension, hybridization probes או capillary-based molecular sequencing. הבסיס המוסכם לאפיון פטרייה הוא רצף של DNA אך שיטה זו דורשת עבודה מרובה מאד שנמשכת זמן ארוך.

ה- real-time TaqMan PCR המשתמש ב- fluorogenic-labeled TaqMan probes מתוצרת צרפתית, מראה שיפור בספציפיות ומקל על אפיון חלקי של הפטרייה, אך מצריך סידרה של פרובים probes) ) יקרים יחסית, שכל אחד מהם מזה סוג אחד של פטרייה.

הזמינות של fluorescent DNA binding dyes משופרים, מאפשרת הערכה מדויקת של sequence variations באמצעות highresolution melting (HRM) real-time PCR. לאחרונה דווח על שימוש בשיטה זו לאבחון דגימות ואגינליות וזיהוי 8 סוגים של קנדידה. ה- HRM לא זיהה Saccharomyces cerevisiae ו- Trichosporon, ולא הבדיל בין קנדידה לפטריות פילמטיות.

הטיפול הראשוני שונה עבור פטריות פילמטיות ועבור שמרים, וכן עבור סוגים שונים של שמרים. לכן, על המעבדה לספק במהירות לרופא העיניים מידע מדויק כדי לאפשר לו לתת במהירות את הטיפול המתאים.

המטרה של המחקר הנוכחי הייתה לפתח בדיקה חדשה לאבחנה של קרטיטיס של הקרנית, אשר תאתר באופן ישיר מדגימות קליניות את הפטרייה, תבדיל בין שמרים לפטריות פילמטיות וכן תבדיל בין זנים שונים של שמרים בעלי משמעות קלינית.

השיטה החדשה מבוססת על בדיקת real-time PCR high-resolution melting (HRM). המחקר בוצע בפריז ב- Centre Hospitalier National dOphtalmologie des Quinze-Vingts. במחקר השוו את האבחנה באמצעות HRM עם תוצאות תרבית. נבדקו זנים מבודדים, גורמים שאינם פטרייתיים שגורמים לקרטיטיס, רקמה שגורדה מקרנית עם קרטיטיס פטרייתית עם תרבית חיובית ועם תרבית שלילית, ורקמה שגורדה מקרנית עם קרטיטיס בקטריאלית, וירלית או אמבית. ה- DNA שמוצה מדגימות הקרנית עורבב עם פרימרים (primers) שנמהלו ב- MeltDoctor HRM Master Mix בשתי מבחנות. האחת מכילה CandUn ואת ה- reverse primer FungUn2 לשמרים, והשנייה מכילה FilamUn1 ו- FungUn2 לזיהוי פטריות פילמטיות. התוצאות של ה- DNA extraction ושל ה- PCR inhibitors נוטרו על ידי הוספת ביקורות פנימיות לכל דגימה. התוצא העיקרי היה זיהוי פטרייה בדגימות קרנית באמצעות HRM.

נמצא שבדיקת ה- HRM זיהתה באופן עקבי כמות של colony-forming units /ml 0.1  של שמרים ושל פטריות פילמטיות, הבדילה פטריות פילמנטיות משמרים, והבדילה בין זנים בעלי משמעות קלינית של שמרים. הרגישות והספציפיות של HRM הייתה 100 אחוזים עבור דגימות שהיו עם תרביות חיוביות, וזיהתה ואפיינה פטריות בשבעה מתוך עשרה דגימות של קרטיטיס עם תרבית שלילית  לפטריות.

מסקנת החוקרים היא ש- High-resolution melting היא בדיקה חדשה, רגישה, ספציפית ובלתי יקרה, אשר מזהה פטריות ומבדילה בין פטריות פילמנטיות לבין שמרים, ישירות מהדגימה הקלינית ותוך פחות משעתיים וחצי לאחר מיצוי ה- DNA.

Goldschmidt P, Degorge S, Benallaoua D, Semoun O, Borsali E, Le Bouter A, Batellier L, Borderie V, Laroche L, Chaumeil C:

New Strategy for Rapid Diagnosis and Characterization of Keratomycosis.

Ophthalmology 2012;119:945950.