בימי הביניים עלתה קרנה של האנטומיה באופן הדרגתי.

האפיפיור באותם הימים אסר נתיחת גופות בדרך כלל.  הותרה נתיחת גופות של עבריינים עליהם נגזר גזר דין מוות, וזאת התקיימה לעיתים רחוקות. לדוגמה, באוניברסיטת Tubingen  הותר לנתח  גופת עבריין אחת  לשלוש שנים. השתתפו בנתיחה מלומדים ואנשי מקצוע, רופאים וסטודנטים. אך מעשית הנתיחה נעשתה על ידי פועל שהוכשר לכך.  הפרופסור ישב על במה והצביע על החלקים השונים.  המשתתפים נדרשו  להעלות תפילות  לעילוי נשמת המת ולהיות נוכחים בקבורת שרידי הגופה לאחר הנתיחה. עיקר תשומת הלב התמקדה באיברים הפנימיים של הבטן והחזה. הגפיים נבדקו רק באופן שטחי  והמוח בכלל לא. 

Mondino de Luccii עשה את הצעד הראשון לתקן את הוראת האנטומיה.  Mundinus   חי בין השנים 1275  ועד 1326 ולימד באוניברסיטת בולוניה.  מונדינוס הפשיל  את שרווליו  וניתח גופות בעצמו. את ספרו באנטומיה מעשית, הוא הוציא לאור בשנת 1316. ספר זה היה בשימוש משך מאתיים שנה ועל אף שגיאותיו הרבות,  נדפס בארבעים מהדורות. זכותו של מונדינוס בזה, שביצע את הנתיחות בעצמו. המאזינות שלנו ישמחו לשמוע, כי הוא נעזר בתלמידה מבריקה בשם Alexandra Galiani. 

לאחר תחיית האנטומיה, באה תורה של הכירורגיה. הרפורמה בכירורגיה נעשתה על ידי תלמידו של  מונדינו   Guy de Chauliac.

‘Guy  שנחשב למנתח הגדול של המאה הארבע עשרה, למד רפואה ותיאולוגיה באוניברסיטאות Montpellier   ושל  Montpellier.  הוא התמנה לחצרו של האפיפיור  שנמצא בעת ההיא בעיר Avignon  ותפקד  כרופא וכומר גם יחד.

בעת מגפת הד?ב?ר בשנת ,1348  הוא  טיפל בחולים בעירו. הוא עצמו נדבק וחלה אך שרד.

ספרו (  Chirurgia Magna    ) נכתב בשפה הלטינית, ומאוחר יותר תורגם לצרפתית והיה ספר כירורגיה מקובל עד למאה השש עשרה. לגבי התכונות הנדרשות מכירורג  הוא  מזכיר אדיבות, הימנעות מאלכוהול, אדיקות, עשיית חסד ושינאת בצע.

מאידך, כירורג חייב גם להכיר  בערך עצמו. אחת משיטות העבודה שלו היה לנתח בבקע המפשעה כאשר החולה נמצא בתנוחת Trendelenburg. 

מקובל היה בזמנו להסיר את האשך  בצד הבקע בעת הניתוח. לדעתו  נוהל זה לא היה נחוץ והוא נמנע מלכרות את האשך.

לחולים האורתופדיים ששכבו במיטתם, תלה  חבל מעל מיטתם כדי לאפשר להם להתיישב,  כפי שאנו עושים עד עצם היום הזה. שבר עצם הירך הוא יישר באמצעות משקלות שהצמיד לכף הרגל כדי להאריך את הרגל ולהחזיר את העצמות למקומם.

כאמור, הוא נחשב למנתח הגדול של המאה ה- 14.