באמצעות כלי ביו-אינפורמטיקה חדש בשם StrainSifter, היכול לזהות פתוגנים במיקרוביום של מערכת העיכול, חוקרים מצאו עדויות לפיהן המיקרוביום של מטופלים עשוי לשמש כמקור לזיהומים בזרם הדם הנרכשים בבית-חולים. באמצעות הכלי החדש, החוקרים מצפים כי ניתן יהיה לזהות את המקור המדויק ולעקוב אחר הזנים הפתוגנים, כך שניתן יהיה לשפר את הגישה למחלות זיהומיות.
במחקר עוקבה רטרוספקטיבי הם אספו דגימות צואה שבועיות מ-30 משתתפים לאחר השתלת מח עצם (אוטולוגית או אלוגנאית) בבית החולים האוניברסיטאי בסטנפרוד, בין אוקטובר 2015 ועד יוני 2017. המשתתפים סיפקו דגימות צואה בתוך 30 ימים לפני התפתחות זיהום בזרם הדם ולפחות דגימה אחת לאחר זיהום שענה על הקריטריונים הסטנדרטיים להגדרת זיהום בזרם הדם.
תחילה, החוקרים ריצפו את הגנום של הגורם הזיהוי ואת הגנומים של כל החיידקים בדגימות הצואה לפני ואחרי הופעת הזיהום, בכדי להשיג תמונת חתך של החיידקים בזרם הדם של המטופל שהיו קיימים גם במערכת העיכול.
מבין 32 זיהומים שרוצפו, 15 נמצאו גם במיקרוביום של מערכת העיכול (47%), בסף של 0.1% ומעלה מכלל הפתוגנים במערכת העיכול. עשרה מבין 15 הפתוגנים הללו מסווגים לרוב כפתוגנים של מערכת העיכול (שמונה במעי ושניים בחלל הפה).
לא כל הזנים שגרמו לזיהום בזרם הדם היו נפוצים בצואה לפני האבחנה. חיידקי Escherichia coli ו-Enterococcus faecim היו הזנים הנפוצים בשני מקרים; שיעורי הימצאות היחסית של חיידקי Klebsiella pneumonia ו-Enterobacter cloacae עמדו על 2.8% ו-0.8%, בהתאמה.
עם זאת, בקרב חלק מהחולים, פתוגנים אפשריים הנפוצים בצואה לא תאמו לזני החיידקים בזרם הדם. לדוגמא, חולה אחד אובחן עם זיהום בזרם הדם של חיידק Klebsiella pneumonia, אך דגימת צואה תשעה ימים טרם הזיהום הדגימה שכיחות יחסית של 64% של E.coli ו-19 ימים לאחר הזיהום, שכיחות יחסית של E. Faecium של 82%.
באמצעות הכי החדש, החוקרים יכלו לחקור לעומק ברמת הזן, עם קבלת מידע העשוי לספק רמזים לקשר בין המיקרוביום של מערכת העיכול והחיידקים בזרם הדם.
לאחר מכן, החוקרים התבססו על ניתוח גנום במטרה לנסות ולזהות אם המקור לזיהום במטופל היה מהמיקרוביום או מהסביבה. הם מצאו כי זני S. Epidermidis היו שונים בחולה אחד בלבד, ובחולה נוסף, P. aeurignosa זוהה בדגימות צואה ודם; שני המקרים רמזו לכך שהמקור לזיהום בזרם הדם היה מהמיקרוביום של המטופל.
החוקרים כותבים כי הממצאים מדגישים את חשיבות בחינת הנחות קונבנציונאליות קודמות אודות המקור לזיהומים. המקור הקונבנציונאלי אינו בהכרח מהווה את התשובה הנכונה בכל המקרים.
Nat Med. Published online October 15, 2018
e-Med Tools
קצר קולע וממוקד
e-Med סמינרים
אי-מד תחקירים
Medscape Tools
Journal Club
מרכזי מידע ושירות
Facebook
מידע למפרסם
מאגר תרופות
מאגר אנשי המקצוע
אינדקס שימושי
חדשות משה"ב
eMed HealthClub
מחקרים קליניים
השאירו תגובה
רוצה להצטרף לדיון?תרגישו חופשי לתרום!